Trong cuộc đời lâu dài của mình, Pepi II có nhiều vợ, bao gồm:

• Neith - Bà là mẹ của người kế vị Pepi, Merenre Nemtyemsaf II [8] Bà có thể là một con gái của Ankhesenpepi I và do đó, cũng của người chị họ và người cùng mẹ khác cha với Pepi II[9]
• Iput II - Một người em gái cùng cha khác mẹ của Pepi II [8]
• Ankhesenpepi III, bà là con gái của Merenre Nemtyemsaf I và do đó là cháu nội của Pepi I.[8][9]
• Ankhesenpepi IV - Mẹ của vua Neferkare theo như văn tự trong ngôi mộ của bà. Người ta không biết liệu Neferkare là ai vì có nhiều vị vua cùng mang cái tên đó trong thời kỳ chuyển tiếp đầu tiên.[8] Tên của ông có thể là Neferkare Neby[9]
• Udjebten[8]. Bà cũng là con gái của Pepi I.[9]

Trong số những nữ hoàng này, Iput, Neith, và Udjebten đều có kim tự tháp nhỏ và ngôi đền tang lễ của họ là một phần của phức hợp kim tự tháp của nhà vua ở Saqqara. Nữ hoàng Ankhesenpepi III đã được chôn trong một kim tự tháp gần kim tự tháp của Pepi I Meryre và Ankhesenpepi IV được chôn cất trong một nhà nguyện thuộc khu phức hợp của Nữ hoàng Udjebten.[8]

Hai người con trai khác của Pepi II được biết đến là: Nebkauhor-Idu và Ptashepses (D) [8]